有马温泉的起源是含有古老海水的地层，称为蛇纹岩。
地层被菲律宾海板块俯冲带到上地幔，脱水，是与板块直接相连的温泉，世界罕见，从地下60公里涌出。
有马温泉是日本盐分含量最高的温泉。
原始的蛇纹岩据说是600万年前的地层，里面含有人类两条腿站立时的古老海水，有马温泉的盐度与之相当。这是一个真正永恒的温泉。